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綠島孤懸海外，原來並不產梅花鹿，但二十多年前開始有人引進梅花鹿畜養，割茸出售，爾後並發展為綠島特有的養鹿事業。其最興盛時期為民國66年至72年間，全島擁有二千頭以上的梅花鹿。惜好景不常，待台灣的養鹿事業一窩蜂跟進，鹿茸價格大跌之後，綠島的養鹿事業也因而一蹶不振。民國74年，鄉公所將公共造產飼養的二百餘頭梅花鹿放入山野，讓其回歸山林生活，於是己經在台灣本島野外絕跡多年的梅花鹿，又在綠島的山林間重覓生機，其境遇耐人尋味。民國81年（1992）國家風景區委託中山大學生物系調,查估算全綠存活的台灣梅花鹿尚有200~250隻左右，為陸域生態貧乏的綠島增添不少野生動物風情。
綠島動物生態裡，野放十多年的梅花鹿也受到威脅。野放梅花鹿數量劇減，大概從四百隻減到只剩兩百多隻。綠島街上的餐廳常常大剌剌的掛著「炒鹿肉」招牌，宣稱是進口的鹿肉。但是很多綠島人都傳述著鹿之輓歌的獵殺行為。
綠島的海底珊瑚－世界上最最長壽動物
綠島南寮漁港南方海域，有一棵高達12公尺的株微孔珊瑚，以珊瑚每年生長1公分的速率推估，這棵珊瑚應該已經有一千兩百年的壽命了，也就從宋、元年代開始，它就生長在綠島的海底，也讓國外內的潛水客驚豔不已，甚至上了Discovery頻道的節目，堪稱台灣最老的動物。
存在綠島的動物樂園
綠島鳥類常見種類甚多，曾有賞鳥人士做過觀察，記錄近有百餘種之多，尤其有些鳥類在臺灣本島並不多見，但在這小島上出現頻率卻很高，一般常見者介紹如下，鷺科：蒼鷺、岩鷺、黃頭鷺、小白鷺、大白鷺。軍艦島科：軍艦島科。鷗科：海鷗、蒼燕鷗。
蝙蝠是屬於哺乳動物中的翼手目動物，而產於綠島的臺灣狐蝠更是其中大型的種類，其展翼寬度可以到達60~80公分。椰子蟹可說是綠島特有生物中最富盛名的生物種類，但是也許正因為盛名之累，造成被大量捕食，使得現今存在的族群數量大不如昔。 綠島的魚類資源相當豐富，新的魚種包括《離鰭鯛》《絲鰭鯛》《三角光鰓魚》《亮光鰓魚黑種》《新種光鰓魚》《新種離鰭鯛》《新種絲鰭鯛》新紀錄種則包括《弱棘魚》《三色鸚哥魚》等，都是在綠島被發現的。
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